在《占领2》中，城市已被敌军完全控制，幸存者躲入地下网络。主角率小队潜入敌核心，发现敌人利用生物武器改造士兵。他必须炸毁实验室并解救被囚科学家，但每一步都陷阱重重。当最终找到敌人首领时，却揭露了更黑暗的阴谋——整个占领计划背后竟是内部叛徒。在绝境中，主角引爆了核反应堆，与敌人同归于尽，为人类争取了最后希望。
